Selçuk Ecza Deposu İstanbul Şubesi, 1975 yılı başında Gayrettepe'de, Konya Merkez' den sonra ilk şube olarak faaliyete başlamış ve 12 yıl aynı yerde hizmet vermiştir. Ancak binanın depoculuğa elverişli olmaması ve iş hacminin sürekli olarak gelişmesi gibi nedenlerle kendi binasını yapma arayışı içine girmiş ve Altunizade'de başlattığı bina inşaatını kısa sürede bitirerek, 1987 yılında yeni binasına kavuşmuştur.

Gelişimini hızla sürdüren Selçuk Ecza Deposu İstanbul Şubesi hizmet götürdüğü uzak bölgelerdeki eczanelere daha iyi hizmet verebilmek amacı ile 1995'de Samsun, 1996'da İzmir, 1997'de Trakya, 1998'de Bursa ve İstanbul - Güneşli, 2000'de Adapazarı, son olarak da 2002'de Beşiktaş Şubesi'ni bünyesinden ayırmıştır. Her şube kendi bölgesinde daha iyi hizmet verebilir hale gelmiştir.